В России обстановка все накалялась. Трагические события 1904-1905 годов — русско-японская война, Кровавое воскресенье, вызвавшее повсюду волну возмущения, — не могли не отразиться и на культурной жизни столицы и других городов страны. Царское правительство в период, непосредственно предшествовавший первой русской революции, старалось максимально ограничить всякие публичные собрания, даже такие, как рубинштейновские обеды московских музыкантов.
Особенно после того, как в петербургской газете «Наша жизнь» (18 января 1905 года) в разделе «Хроника» под названием «Обед художников» было опубликовано сочиненное на этом обеде письмо крупнейших мастеров русского изобразительного искусства во главе с Иваном Билибиным. В нем выражалась солидарность с теми представителями русского общества, «которые мужественно и стойко борются за освобождение России...»
Вслед за художниками подняли голос музыканты. Их письмо-декларация, составленное, судя по дневниковой записи Танеева, на рубинштейновском обеде в Эрмитаже, на котором присутствовал и Глиэр, напечатано было 3 февраля 1905 года в газете «Наши дни», а тремя днями позже в «Русских ведомостях». Там говорилось: «Когда в стране нет ни свободы мысли и совести, ни свободы слова и печати, когда всем живым творческим начинаниям народа ставят преграды — чахнет и художественное творчество. Горькой насмешкой звучит тогда звание свободного художника. Мы — не свободные художники, а такие же бесправные жертвы современных ненормальных общественно-правовых условий, как и остальные русские граждане, и выход из этих условий, по нашему убеждению, только один: Россия должна, наконец, вступить на путь коренных реформ...» Среди подписавших это письмо — а там стояли имена Танеева, Рахманинова, Кашкина, Кастальского, Гречанинова, Шаляпина — был и Глиэр.
Подписал Глиэр и письмо большой группы деятелей культуры в адрес дирекции Петербургского отделения Русского музыкального общества в защиту Н. А. Римского-Корсакова, уволенного из состава профессуры Петербургской консерватории за то, что он воспротивился исключению и аресту студентов, замешанных в столкновениях с полицией. Как известно, в результате многочисленных выступлений общественных групп, союзов, объединений Римского-Корсакова вернули в Петербургскую консерваторию. Но все это создавало нервную, гнетущую атмосферу, и для нормальной работы требовалось большое усилие воли. Несмотря на тревожные вести, приносимые буквально каждый день, Глиэр в этот период тщательно отделал Второй секстет, посвященный Ипполитову-Иванову, завершил работу над Третьим секстетом — дань памяти М. П. Беляева — и Вторым квартетом, посвященным Н. А. Римскому-Корсакову. Эти три камерных ансамбля в сравнении с предыдущими, естественно, обнаруживают большую зрелость и самостоятельность композиторского мышления, значительно более сложны технически, что представляет определенную трудность для исполнения. Но их форма еще более ясная, четкая. Инструментованы они с изобретательностью и выразительностью, а характер музыки все тот же, насыщенный интонациями русской народной песенности. За исключением, правда, финала Второго квартета, который написан, по обозначению автора, «в восточном стиле» и хорошо передает характер восточной музыки. Это типичная «русская музыка о Востоке», уходящая корнями в творчество Глинки, развивавшаяся потом Бородиным, Римским-Корсаковым и другими русскими классиками.
Кроме того, Глиэр много работал над фортепианными пьесами, объединяя их в циклы по две, три, пять, шесть и более миниатюр. Продолжал писать романсы, в частности, в этот период написан был романс «Кузнецы», посвященный Шаляпину.
В июне 1905 года у композитора появились на свет две дочери—близнецы Нина и Лия. Несмотря на это, а может быть, именно поэтому (Лия была очень слабенькой и все время болела) Глиэр с семьей в начале зимы уехал, в Германию, договорившись с А. Т. Гречаниновым, что на время его отсутствия тот будет вести у Гнесиных уроки по гармонии.