Около 1740 г. Бах достиг наибольшей известности, но именно с этого времени стал вести замкнутый образ жизни, отдавая все свободное время музыкальному воспитанию своих высокоталантливых детей.
Последние годы своей жизни Бах, так же как и Гендель, страдал болезнью глаз и, после безуспешных операций у того же врача, который лечил со столь же печальным результатом и Генделя, ослеп. Он скончался 27 июля 1750 г., и с течением времени следы его могилы были утеряны. Вдова его была зарегистрировала магистратом, как «женщина, живущая подаянием». Часть рукописей Баха еще в начале XIX века была продана на вес, как макулатура (голоса мессы, скрипичные «партиты», найденные Пельхау в Петербурге, и пр.).
Великое музыкальное значение Баха не было достаточно оценено при его жизни. Слава его сыновей, из которых четверо — Вильгельм Фридеман, Филипп Эмануил, Иоганн Христоф и Иоганн Христиан — имеют значение в истории музыки, затмила славу их гениального отца. К школе Баха принадлежит ряд блестящих в свое время органистов, клавесикистов и теоретиков: Фоглер, Людвиг Кребс, Гомилиус, Кирнбергер, Мютель, Гольдберг (блестящий виртуоз на клавесине, для которого Бах написал 30 вариаций). Из сочинений Баха при жизни его было напечатано очень немного, а именно: «Мюльгаузенская («магистратская») кантата (1708), «Упражнение для клавира» в четырех частях (1726—1742), «Музыкальное приношение» (1747), 6 органных хоралов (1750) и «Искусство фуги» (15 фуг и 4 канона на одну тему (1752) — гравировка их начата была самим Иоганном Себастьяном и законченна его сыном Филиппом Эмануилом). "Наиболее богатое собрание автографов Иоганна Себастьяна Баха находится в Берлинской государственной библиотеке, но, к сожалению, многие из его композиций до нас вовсе не дошли.